by Een nieuwe studie van genetische gegevens van een markt in Wuhan, China, zei dat de gegevens niet de stelling ondersteunden dat de pandemie begon met illegaal verhandelde dieren, wat leidde tot een nieuw debat over monsters die andere wetenschappers als cruciale stukjes van de puzzel beschouwen, zie hoe het coronavirus is mensen bereikt.
De studie, die de relatieve hoeveelheden dierlijk en viraal materiaal onderzocht in uitstrijkjes van oppervlakken die begin 2020 op de markt waren, zei dat het moeilijk was om conclusies te trekken over de vraag of bepaalde monsters van het virus afkomstig waren van geïnfecteerde levende dieren of slechts afkomstig waren van incidentele besmetting.
Maar verschillende externe experts zeiden dat de analyse, vorige week online geplaatst door studieauteur Jesse Bloom, een virusexpert bij Fred Hutchinson Cancer Center, werd beïnvloed door een aantal onbekende variabelen en beslissingen over hoe de gegevens konden worden gefilterd.
Meld u aan voor de ochtendnieuwsbrief van de New York Times
Om deze redenen, zeiden ze, deden de resultaten niet veel af aan hun indruk van eerdere studies. Monsters van de markt met dierlijk en viraal genetisch materiaal, zeiden ze, waren consistent met de mogelijkheid dat een dier daar – misschien een wasbeerhond – het virus op mensen had overgedragen, maar het niet bewezen.
“Ik denk dat er een vrij redelijke kans is dat ze een geïnfecteerde wasbeerhond hebben meegenomen, maar dat bewijst niet dat dit de oorsprong was”, zegt Frederic Bushman, een microbioloog aan de Universiteit van Pennsylvania die gespecialiseerd is in het analyseren van monsters die gespecialiseerd zijn in de Wuhan-markt. maar was niet betrokken bij een van de marktstudies. “Ik denk niet dat de Bloom-paper mijn denken zo veel heeft veranderd.”
Chinese onderzoekers schreven vorig jaar over de marktgegevens en stelden dit jaar de genetische sequenties beschikbaar voor een team van internationale wetenschappers om te bestuderen. Dat team schreef vorige maand in een rapport dat ze op basis van de gegevens geen dier konden identificeren dat het virus op mensen heeft overgedragen.
Ze zeiden echter dat de gegevens bevestigden dat dieren waarvan men dacht dat ze vatbaar waren voor het virus, waaronder wasbeerhonden en gemaskerde civetkatten, een klein Aziatisch zoogdier dat betrokken was bij de SARS-uitbraak twee decennia geleden, eind 2019 op de markt werden gebracht. Veel van de eerste COVID-19-patiënten werkten of winkelden ook op de markt.
Omdat de markt een van de slechts vier plaatsen in Wuhan was waar levende dieren werden verkocht van de soort die het virus waarschijnlijk zou kunnen verspreiden, zeiden de wetenschappers dat het onwaarschijnlijk was dat zoveel vroege patiënten puur per ongeluk aan de markt waren gekoppeld. Ze zeiden dat de genetische gegevens ook voortbouwden op ander bewijs, waaronder het feit dat er twee vroege lijnen van het virus op de markt waren.
De studie van vorige week had een andere benadering voor het analyseren van de gensequenties.
Bloom onderzocht of de hoeveelheid erfelijk materiaal van het virus correleerde met de hoeveelheid erfelijk materiaal van vatbare diersoorten in de monsters. Als één soort op de markt voornamelijk verantwoordelijk was voor het verspreiden van het virus, zei hij in een interview, dan had hij verwacht een duidelijk verband te zien tussen de hoeveelheid genetisch materiaal in het virus en de hoeveelheid van die soort.
De studie vond echter geen duidelijke associaties van dit type.In plaats daarvan waren de sterkste correlaties tussen verschillende vissen die op de markt werden verkocht en die niet besmet konden zijn, wat aangeeft dat geïnfecteerde individuen waarschijnlijk viraal materiaal hadden afgezet waar de vis zich bevond.
Bloom zei dat de bevinding suggereerde dat het virus, ook bekend als SARS-CoV-2, wijdverbreid was op de markt op het moment dat de uitstrijkjes begin 2020 werden afgenomen.
“Evenzo moeten we niet veel lezen over het feit dat er een stelletje SARS-CoV-2 is vermengd met largemouth bass en meervalsamples, noch moeten we veel lezen over het feit dat er een wasbeerhondmonster is met een SARS- CoV-2 -Lees, ‘zei Bloom.
Maar externe experts zeiden dat verschillende kenmerken van de monsters pogingen om dierlijk en viraal materiaal te correleren, zouden kunnen frustreren. De internationale wetenschappers zeiden in hun rapport dat ze hadden overwogen om een soortgelijke analyse uit te voeren, maar dat er een risico was op misleidende resultaten. Bloom erkende dat “het een open vraag is of de berekening überhaupt zinvol is.”
Genetisch materiaal van het virus breekt snel af, zei Christopher Mason, specialist in milieubemonstering bij Weill Cornell Medicine. Cruciaal is dat viraal materiaal in een ander tempo kan worden afgebroken dan materiaal van dieren, waardoor het moeilijk wordt om ze te vergelijken in monsters die in de weken na sluiting van de markt zijn verzameld.
Het zou kunnen zijn dat vis het nauwst geassocieerd was met het virus, simpelweg omdat de vis waarschijnlijk bevroren of gekoeld was, wat het verval van viraal materiaal in deze monsters vertraagde, zei Tom Wenseleers, een evolutiebioloog aan de KU Leuven in België.
De laatste analyse “bevestigt dat het kijken naar dergelijke correlaties bijna niets zegt over welke gastheersoort een plausibele bron van de pandemie zou kunnen zijn geweest”, zei Wenseleers. Dit laat de wetenschappers in dezelfde positie als voorheen, zei hij, met marktgegevens die geen sluitend bewijs bieden voor een bepaald oorsprongsscenario.
In de nieuwe studie werd ook nauwkeurig gekeken naar een uitstrijkje van een kar op de markt, waarin het internationale team sporen van het virus had gevonden naast genetische handtekeningen van wasbeerhonden, maar geen detecteerbaar menselijk genetisch materiaal.
Bloom schreef dat het uitstrijkje slechts een kleine hoeveelheid viraal materiaal bevatte en dat het niet duidelijk was waarom Chinese onderzoekers het uitstrijkje als COVID-positief hadden geclassificeerd. Zijn studie zei dat het uitstrijkje de enige was die aanzienlijke hoeveelheden genetisch materiaal van de wasbeerhond bevatte met sporen van het virus.
Maar sommige wetenschappers zeiden dat de analyse van Bloom het risico inhield andere COVID-positieve uitstrijkjes af te wijzen door de lat te hoog te leggen voor de hoeveelheid dierlijk genetisch materiaal in een monster.
Bushman van de Universiteit van Pennsylvania zei dat de drempel die in de analyse werd gebruikt “agressief” was en dat het het beste was om de resultaten van een aantal verschillende drempels te vergelijken.
Met behulp van een gevoeligere drempel identificeerde het internationale team van wetenschappers verschillende COVID-positieve monsters die genetisch materiaal van wasbeerhonden bevatten, evenals andere met genetische handtekeningen van verschillende dieren waarvan wordt aangenomen dat ze vatbaar zijn voor het virus.
Alexander Crits-Christoph, een computationeel bioloog die voorheen aan de Johns Hopkins University werkte en hielp bij het leiden van de analyse van het internationale team, zei dat het team ook zorgvuldig controleerde of de Chinese onderzoekers gelijk hadden bij het testen van het uitstrijkje van de auto als positief voor beschreven het virus.
Hij constateerde dat een aantal andere uitstrijkjes uit dezelfde stal duidelijk positief waren voor het virus. Hij zei dat resultaten van bemonstering elders op de markt ook aangaven dat de meeste van de echt negatieve uitstrijkjes helemaal geen spoor van het virus bevatten, in tegenstelling tot de uitstrijkjes van de kar.
“Dit is een milieubemonstering van een virus dat een kleine speld in een hooiberg is”, zei Crits-Christoph.
circa 2023 The New York Times Company
